Корень является подземной частью оси растения и таким образом морфологически представляет собой как бы продолжение стебля. Он, как и стебель, на ранних стадиях имеет первичное строение, а позднее — вторичное. У однодольных и некоторых двудольных растений (кувшинка, лютик, чистяк) первичное строение корня сохраняется всю жизнь, но у большинства двудольных и голосеменных с момента появления вторичной образовательной ткани — камбия первичное строение заменяется вторичным.
Корень первичного строения покрыт однослойным эпидермисом, иногда называемым кожицей, отличающимся от эпидермиса стебля и листа отсутствием устьиц, а часто и кутикулы.Стенки клеток тонкие, но у некоторых растений они значительно утолщаются, иногда только с внешней стороны. Эпидермис корня может подвергаться одревеснению и опробковению, т. е. стенки клеток пропитываются в первом случае лигнином, во втором — суберином.
Несколько выше кончика корня часть клеток, а у некоторых видов и каждая клетка эпидермиса, может развиваться в одноклеточный волосок — корневой волосок. Отрезок корня, где располагаются корневые волоски, называется волосконосным, а эпидермис на нем — ризо-дермой. Корневые волоски отсутствуют у водных растений (например, у кувшинки и др.), у многих хвойных (у пихты, сосны и др.) и у некоторых двудольных, большей частью микотрофных (например, у орхидей).
Под эпидермисом расположена первичная кора, которая в корне развита сильнее, чем в стебле. Клетки первичной коры в большинстве случаев сложены рыхло, с образованием межклетников. Нередко встречаются значительные воздухоносные полости, возникающие различными способами: в результате разъединения смежных клеток — схизогенно, путем разрыва — рексигенно, или вследствие растворения клеток — лизигенно. Бывают полости, образованные двумя способами одновременно (например, схизо-лизигенные). Схизогенные полости имеют ровные очертания и расположены более или менее симметрично, лизигенные и рексигенные ограничены разрушенными стенками клеток и рассеяны без особого порядка. У некоторых растений клетки внутренней части первичной коры образуют правильные радиальные ряды; в наружной части коры такой правильности не наблюдается.
В клетках первичной коры встречаются кристаллы, крахмальные зерна, реже капли масла. Хлоропласты в корнях обычно отсутствуют, они имеются в корнях некоторых водных растений и в воздушных корнях наземных растений. В коре могут присутствовать различные идиобласты, камедные и смолоносные вместилища. Склеренхима в корне обычна для однодольных, а у голосеменных и двудольных она представлена значительно реже.
Область коры, прилегающая непосредственно к эпидермису, может отличаться по строению от остальной ее части и тогда носит название экзодермы. Последняя состоит из одного или нескольких рядов клеток с утолщенными, одревесневшими или опробковевшими стенками, между которыми встречаются и тонкостенные, так называемые пропускные клетки. После слущивания эпидермиса экзодерма выполняет защитную функцию.
Корень